موضوع کتاب با علی در صحرا شرح و بسط دو حکمت از حکمت های حکیمانه امیرالمونین علی ( ع ) است که مشتمل بر لباب معرفت است .
حکمت نخست ، در باب بیان سخنان حضرت با یار خود ؛ کمیل بن زیاد نخعی ست . امام در این حکمت در مورد مصادیقی مثل منزلت دانش , عالمان ، مرگ دانش و ... سخن گفته است .
حکمت دوم نیز درباره بیان برخی علل و رازها در خصوص پاره ای از احکام خداوند است . احکامی مثل ایمان ، نماز ، قصاص ، ترک شراب و ...
این کتاب در 192 صفحه و با قلمی روان نگاشته شده و توسط انتشارات معارف به چاپ رسیده است .
« اصل نماز ذکر است . قرآن خطاب به حضرت موسی می فرماید : " و اقم الصلوه لذکری "
علت وجود کبر در انسان ، غفلت وی از خداست . گستاخی و جسارت وی به دلیل " غفلت " است . انسان خود را می بیند ، احساس بزرگی می کند ؛ اما وقتی بین بزرگترها می رود ، خود را کوچک میابد . اگر بین جهال بنشیند خود را عالم می انگارد . اما باید دانست که انسان ، هرقدر هم که بزرگ باشد ، در مقابل خدا کوچک است و هیچ .
ستاره ها در روز پیدا نیستند ، اما همین که شب شد ، هرکدام گوشه ای را اشغال می کنند . وقتی خدا را فراموش می کنیم ، همه چیز را موثر می دانیم ؛ اما اگر خدا را ببینیم ، غیر از نور او و قدرت او و اثر او هیچ نمی بینیم . اینکه نمازها را در پنج نوبت قرار داده اند . برای همین حالت غفلت زدایی است و برای این است که بعد از هر عمل و قبل از هر عمل متوجه خدا شویم و اگر غفلتی پیدا کردیم از بین برود . »
بخشی از متن کتاب با علی در صحرا صفحه 107 و 108